Нам очень нужны волонтеры молекулярные биологи и биоинформатики для помощи в наполнении и курировании портала. Напишите нам

Если чтение может быть сопоставлено более чем одному местоположению в референсном геноме, при, так называемом многократном чтении, каково качество отображения чтения, сообщенное TopHat или BWA ?

спросил от (5.4k баллов)

1 Ответ

В Tophat 1.4.1 нет качества картирования. Я просмотрел большое количество файлов BAM, и кажется, что коэффициенты качества следующие:
255 = уникальное мапирование
3 = мапируется на 2 места в цели
1 = мапируется для 3-4 мест
0 = мапируется до 5 или более местоположений (до числа, определенного в «--prefilter-multihits»).

ответил от (3.1k баллов)