Я хотел бы подсчитать количество копий генов в моем списке генов (более 100 генов) у млекопитающих (человека, мыши, коровы и т. д.). Например, я хочу знать эволюционные изменения количества копий TP53, но я не могу придумать эффективного решения.
Есть ли у вас идеи как систематически подсчитывать количества копий генов?

спросил от (5.4k баллов)

1 Ответ

NCBI Homologene имеет информацию о выравнивании, доступную для Euteleostomi для TP53, можно взять эти данные и использовать для своих нужд:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene/460
В Ensembl имеется ряд сравнительных геномных анализов (прокрутите вниз до нижней части страницы): http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Compara?db=core;g=ENSG00000141510;r=17:7661779-7687550
Таблицу с ортологами из нескольких видов можно найти здесь (прокрутите страницу вниз): http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Compara_Ortholog?db=core;g=ENSG00000141510;r=17:7661779-7687550
Используйте комбинации этих методов для ваших задач.

ответил от (3.1k баллов)