Я разработал трехмерную модель структуры белка и минимизировал его энергию с помощью двух разных инструментов. После уточнения модели я проверил энергии моих моделей, полученные из двух разных инструментов. Интересно, что обе модели показали различный тип структуры после минимизации и уточнения энергии. Подскажите пожалуйста какие-нибудь статьи и подходы чтобы я мог проверить свои данные и уточнить методы.

спросил от (5.4k баллов)

1 Ответ

Это огромная тема требующая погружения и довольно сложно сходу получить приличные результаты, поэтому вероятно у вас есть ошибка. Попробуйте посмотреть эти инструменты и выбрать что-то из них для своих задач:
https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/ModRefiner/
http://www.yasara.org/minimizationserver.htm
https://spdbv.vital-it.ch/energy_tut.html
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3634918/

ответил от (3.1k баллов)