У меня есть таблица Excel, сделанный с помощью Cufflinks, показывающая количественную оценку альтернативного сплайсинга из RNA-Seq.
Я не знаю больше, чтобы сказать об этом, кроме того факта, что я уверен, что есть более простой и более эффективный способ попытаться найти возможные случая альтернативного сплайсинга, чем вручную проходить все 8 электронных таблиц, содержащих десятки тысяч генов каждый ?
Единственный инструмент, с которым я столкнулся, это Enrichr, хотя здесь я не знаю, как именно мне следует выбирать свои гены для анализа.

спросил от (5.4k баллов)

1 Ответ

Cufflinks собирают транскрипты, используя выровненные чтения последовательности РНК и выдают файл gtf в качестве вывода. В идеальном случае можно объединить все такие файлы gtf в один объединенный файл gtf, используя cuffmerge. Затем cuffdiff будет использоваться для нормализации и анализа дифференциально экспрессированных и обработанных генов.
Чтобы использовать последующие инструменты, вам нужно знать больше деталей об этих файлах Cufflinks, таких как сборка генома и версии, используемые для выравнивания. И даже до всего этого, вам нужно убедиться, что файлы действительно в формате gtf.
Рассмотрение значений FPKM непосредственно из Cufflinks без нормализации может привести к ошибкам.

ответил от (3.1k баллов)