Я пытаюсь преобразовать необработанные данные Illumina в формат PLINK PED, но не могу найти решения. Помогите мне пожалуйста.

спросил от (5.4k баллов)

1 Ответ

В GitHub, у пользователя «nicolazzie», есть репозиторий «SNPChimpRepo»:
https://github.com/nicolazzie/SNPChimpRepo
Этот инструмент (SNPConvert или один из 3 исходных программ, если вы используете Linux или просто как командную строку) может конвертировать файлы ROW и MATRIX Illumina в PED / MAP. Тем не менее, обратите внимание, что GenomeStudio имеет плагин, который делает это автоматически (например, экспортирует файлы PED / MAP напрямую).

ответил от (3.1k баллов)