Я разрабатываю пайплайн для анализа данных RNA-seq, и у меня есть несколько теорий для дальнейшего анализа, которые я планирую в дальнейшем проверить после выравнивания ридов с эталонным геномом с использованием Bowtie.
Я хочу протестировать эту часть конвейера с уже выровненным набором ридов, независимо от первоначального эксперимента, я хочу просто воспроизвести некоторые данные для этой части пайплайна.
Поскольку я новичок в RNA-seq, я хотел спросить вас, когда вы отправляетесь в GEO, чтобы загрузить некоторые данные RNA-seq, какие файлы следует загрузить?
Я нашел файлы SRA в одной записи GEO. Должен ли я загрузить их все и затем преобразовать в формат sSAM? Какой тогда лучший инструмент для конвертации SRA в SAM.

спросил от (5.4k баллов)

1 Ответ

Лучший ответ

Попробуйте посмотреть эти инструменты их должно быть достаточно для вашей работы:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE25840
http://www.internationalgenome.org/data
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/supplementary/series/GSE25840/

ответил от (3.1k баллов)
выбран от