Я разрабатываю пайплайн для анализа данных RNA-seq, и у меня есть несколько теорий для дальнейшего анализа, которые я планирую в дальнейшем проверить после выравнивания ридов с эталонным геномом с использованием Bowtie.
Я хочу протестировать эту часть конвейера с уже выровненным набором ридов, независимо от первоначального эксперимента, я хочу просто воспроизвести некоторые данные для этой части пайплайна.
Поскольку я новичок в RNA-seq, я хотел спросить вас, когда вы отправляетесь в GEO, чтобы загрузить некоторые данные RNA-seq, какие файлы следует загрузить?
Я нашел файлы SRA в одной записи GEO. Должен ли я загрузить их все и затем преобразовать в формат sSAM? Какой тогда лучший инструмент для конвертации SRA в SAM.