Нам очень нужны волонтеры молекулярные биологи и биоинформатики для помощи в наполнении и курировании портала. Напишите нам

Я осуществил сборку генома с помощью Trinity, и хотел бы узнать, есть ли какое-либо программное обеспечение для получения общей информации о моей сборке. Я бы хотел узнать: количество нуклиотидов, длину контигов (минимальную и максимальную), медианную и среднюю длину контигов.

спросил от (5.4k баллов)

1 Ответ

Для этих целей можно использовать translate, rnaQUAST или biopieces:

http://hibberdlab.com/transrate/index.html

http://cab.spbu.ru/software/rnaquast/

https://github.com/maasha/biopieces/wiki/HowTo

ответил от (3.1k баллов)