Нам очень нужны волонтеры молекулярные биологи и биоинформатики для помощи в наполнении и курировании портала. Напишите нам

Привет, я новичок в биоинформатике и в языках программирования. Может кто-нибудь посоветовать мне источники, где я смогу, начать изучение анализа данных scRNA seq? Я знаком с языком Си и немного знаком с молекулярной биологией.

спросил от (5.4k баллов)
редактировать от

2 Ответы

По этому вопросу есть очень хорошее введение от Hemberg Lab, где люди непосредственно занимаются этим вопросом:

https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/

Если говорить о работе с пакетами в R для понимания того, почему объекты становятся довольно сложными, объяснения людей написанные для Bioconductor довольно проницательны и принципы применимы и к Seurat (пакет для анализа РНК отдельных клеток в R):

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/590562v1.full

https://osca.bioconductor.org/

ответил от (3.1k баллов)

Вот здесь еще почти все пакеты для анализа, но, к сожалению, их целая куча и они недостаточно отобраны по релевантности:

https://github.com/seandavi/awesome-single-cell

ответил от (3.1k баллов)