Нам очень нужны волонтеры молекулярные биологи и биоинформатики для помощи в наполнении и курировании портала. Напишите нам

Я обнаружил, что в моем файле SAM существует несвязанная строка, а не заголовок, который получается с помощью BWA mem.

Вот моя команда выравнивания:

nohup bwa mem -t 12 GRCh38.bwa VEGFA_site_1.fastq.gz > VEGFA_site_1_output.sam &

спросил от (5.4k баллов)
редактировать от

1 Ответ

Если вы используете nohup, тогда STDOUT и STDERR объединяются в выходном файле. Либо не используйте nohup, либо используйте команду -o.

 

ответил от (3.1k баллов)