Нам очень нужны волонтеры молекулярные биологи и биоинформатики для помощи в наполнении и курировании портала. Напишите нам

Интересно, кто-нибудь еще на этом форуме имеет подобный опыт работы с высококачественной РНК, определенной метриками DV200, но плохими результатами RNAseq, а именно: плохой согласованностью результатов RNAseq с разных платформ RNAseq.

Рассматриваемые образцы представляют собой извлеченную РНК из образцов FFPE. Поскольку значения RIN обычно низкие для РНК из образцов FFPE, Illumina рекомендовала использовать метрики DV200. По неизвестным причинам у нас есть несколько образцов, которые имеют превосходные оценки по метрикам DV200, но плохо работают на разных платформах RNAseq (плохая согласованность данных). Напротив, сэмплы с «более низкими» значениями DV200 (ниже, чем у этих более высоких показателей - большинство сэмплов находятся в этом «нижнем» диапазоне значений DV200) имеют нормальную производительность (приличное согласование) на разных платформах RNAseq.

Какие-нибудь мысли ?

спросил от (5.4k баллов)
редактировать от

1 Ответ

Нужно использовать RSeQC для подтверждения охвата гена/ или показателей TIN:

http://rseqc.sourceforge.net/#genebody-coverage-py

http://rseqc.sourceforge.net/#tin-py

Образцы с более низкими показателями RIN должны иметь более низкие показатели TIN (по крайней мере, если есть явная разница, например, переход от RIN 9 к RIN 3).

Например, если есть один образец каждого, было бы неплохо подтвердить, что не было образцы не перепутались.

ответил от (3.1k баллов)